药师经到现在一共有五个版本，分别是东晋帛尸梨密多罗所翻译的佛说灌顶拔除过罪生死得度经，这部经文是大灌顶神咒经的第十二卷，南北朝刘宋孝武帝大明元年，慧简于秣陵鹿野寺所翻译的药师琉璃光经，隋炀帝大业十一年间，东都洛水南上林园翻经馆，由由达摩笈多所翻译的佛说药师如来本愿经，唐中宗神龙三年义净于佛光寺所翻译的药师琉璃光七佛本愿功德经，最后就是我们现在经常念诵的，唐永徽元年，由玄奘法师翻译的药师琉璃光如来本愿功德经。

一、 药师经总共七部 ，但作者也说不上来那个版本好，只是我个人觉得，既然玄奘法师翻译的被那么多人念诵，第一点可能是玄奘法师翻译的版本方便现代人的阅读、理解，第二点可能是玄奘法师翻译的比较全面吧。

二、但药师经好像不只一部，要不然哪儿来的药师琉璃光七佛本愿功德经。据资料说，我们现在读的只是其中的一部，还有其他六佛的本愿功德经。

我认为不是药师经的哪个版本好，佛经嘛，都是济世救人用的，通常会点醒人们。所以不管是哪部佛经，我们读了就要好好的读。以上是作者的个人理解，如有不对的地方，还望各位师兄海涵。